インボイス改正で簡易課税の届出期限に注意

はじめに

国税庁は2026年4月1日、インボイス制度の特設サイトを更新し、令和8年度税制改正に対応したインボイスQ&A等を改訂しました。今回の改正では、2割特例の見直しや3割特例の創設、免税事業者等からの仕入れに係る経過措置の段階的縮小が盛り込まれています。実務上、特に注意したいのが「2割特例」「3割特例」後に簡易課税制度へ移行する場合の届出期限です。
（国税庁：インボイス制度 特設サイト）

1．インボイス改正で小規模事業者に影響

国税庁は、消費税のインボイス制度に関する特設サイトを更新し、令和8年度税制改正に対応した特集ページを開設しました。これにあわせて「消費税の仕入税額控除制度における適格請求書等保存方式に関するQ&A」いわゆる「インボイスQ&A」や「インボイス制度において事業者が注意すべき事例集」も改訂されています。

今回の改訂では、インボイスQ&Aに6問が追加され、24問が改訂されました。令和8年度税制改正では、これまで免税事業者からインボイス発行事業者になった小規模事業者を対象としてきた、いわゆる「2割特例」が見直されます。また、個人事業者については「2割特例」に代わる形で「3割特例」が設けられます。

2．簡易課税への移行期限に特例

今回のQ&A改訂の中で実務上、特に確認しておきたいのが「問117に関する簡易課税制度選択届出書の提出期限の特例」です。簡易課税制度を適用して消費税を申告する場合、原則としてその適用を受けようとする課税期間の初日の前日までに「消費税簡易課税制度選択届出書」を提出する必要があります。

例えば、個人事業者が令和8年分から簡易課税制度を適用したい場合、本来であれば令和7年12月31日までに届出書を提出しておく必要があります。しかし、インボイス制度の導入に伴い、2割特例の適用が終了した後、簡易課税制度へ移行する事業者が多くなることが想定されました。そこで、2割特例の適用を受けた事業者については、一定の届出期限の特例が設けられていました。

具体的には、2割特例の適用を受けた事業者が、その適用を受けた課税期間の翌課税期間中に、その翌課税期間から簡易課税制度の適用を受ける旨を記載した簡易課税制度選択届出書を提出した場合には、その翌課税期間の初日の前日に提出があったものとみなされます。つまり、本来の事前届出期限を過ぎていたとしても、一定の範囲で翌課税期間から簡易課税制度に移行できる仕組みです。

令和8年度税制改正では、この提出期限の特例が見直されます。2割特例または3割特例の適用を受けた事業者が、その適用を受けた課税期間の翌課税期間について、確定申告期限までに簡易課税制度選択届出書を提出した場合には、その翌課税期間の初日の前日に届出書を提出したものとみなされることになりました。

ここで重要なのは、提出期限が「翌課税期間中」ではなく「翌課税期間に係る確定申告期限まで」とされている点です。これにより、実務上は申告作業の過程で本則課税と簡易課税の有利不利を検討したうえで一定の期限までに届出書を提出する余地が広がるため、実務上の利便性が大きく向上します。

例えば、令和7年分まで2割特例により申告を行っていた個人事業者が令和8年分から簡易課税制度を適用したい場合、令和8年分の確定申告期限までに令和8年分から簡易課税制度の適用を受ける旨を記載した届出書を提出すれば、令和8年分から簡易課税制度の適用を受けることができます。

これは、会計事務所が関与先の消費税申告を検討する際に非常に重要な実務上の選択肢となります。税理士職業賠償保険（税賠保険）の保険金支払い事例で多いのが簡易課税制度の適用届出ミスですが、この取り扱いによりかなり届出ミスは減ると予想されています。

2割特例や3割特例の適用が終了する局面では、本則課税へ移行するのか、簡易課税制度を選択するのかによって、納税額だけでなく帳簿確認や請求書保存の事務負担も大きく変わります。特に、仕入れや経費の構成が複雑な事業者、免税事業者等からの仕入れが多い事業者、業種区分の判定に注意を要する事業者については、早めの試算が欠かせません。

3．法人は決算期ごとの確認が不可欠

一方で、この提出期限の特例には適用時期に関する注意点があります。見直し後の特例は、その翌課税期間が令和8年10月1日以後に終了する課税期間である場合に適用されます。そのため、同じように2割特例や3割特例後に簡易課税制度へ移行するケースであっても、課税期間の終了日によって届出書の提出期限が異なる可能性があります。

個人事業者であれば課税期間は通常1月1日から12月31日までであり、令和8年分の課税期間は令和8年12月31日に終了します。このため、令和8年10月1日以後に終了する課税期間に該当し、今回の見直し後の提出期限の特例を検討しやすい類型といえます。

これに対し、法人の場合は決算期によって判断が分かれます。課税期間の終了日が令和8年10月1日前となる法人については、見直し後の提出期限の特例の対象とならない可能性があります。法人の関与先については、決算期ごとに、どの課税期間からどの特例が適用できるのかを個別に確認する必要があります。

税務実務では、単に「2割特例が終わる」「3割特例が始まる」という制度説明にとどまらず、課税事業者となった経緯、インボイス登録日、課税期間、決算期、売上規模、仕入構造、簡易課税の業種区分を整理することが求められます。特に、簡易課税制度を選択すると原則として2年間は継続適用が必要となるため、単年度の有利不利だけで判断することは避けるべきです。

また、簡易課税制度は、仕入税額控除の実額計算を行わず課税売上にみなし仕入率を乗じて納税額を計算する制度です。事務負担の軽減という点では有効ですが、実際の課税仕入れが多い事業者では本則課税の方が有利になる場合もあります。逆に、仕入れが少ないサービス業や士業、コンサルティング業などでは、簡易課税制度の方が納税額・事務負担の両面で有利となる可能性があります。

今回のQ&A改訂は、インボイス制度の経過措置が次の段階に入ることを示すものです。令和8年度税制改正により、2割特例、3割特例、免税事業者等からの仕入れに係る経過措置、簡易課税制度への移行手続きが複雑に絡み合うことになります。