資料請求（会計事務所）
はじめに
国税庁は2025（令和7）年10月28日、インボイス制度に関する「取扱いに関する質問」を更新し、免税事業者等からの課税仕入れに係る経過措置について、新たに2つのQ&Aを追加しました。今回の更新では、現行の「80％控除」が終了する2026（令和8）年10月1日前後の取引について、どの割合を適用すべきかの判断基準が明確に示されました。なお、令和8年度 与党税制改正大綱においては、この経過措置を延長し、控除割合を段階的に引き下げる方針が打ち出されました。当初予定されていた「50％への一律切替え」から、新たに「7割控除」の期間を設けるなど、実務への影響はさらに長期化・複雑化することが予想されます。
2023年10月からインボイス制度がスタートしましたが、免税事業者等からの課税仕入れについても、一定期間は仕入税額控除を認める経過措置が設けられています。
1．インボイス経過措置はいつから変わる？
この経過措置について、令和8年度 与党税制改正大綱では、激変緩和の観点から適用期間の延長と控除割合のさらなる多段階化が示されました。改正案に基づく今後の控除割合の流れは以下の通りです。
（出典：国税庁のサイト、令和8年度 与党税制改正大綱を参考に筆者が作成）
適用期間（予定含む）
控除割合
備考
2023年10月1日～2026年9月30日
仕入税額相当額の80％控除
現行制度
2026年10月1日～2028年9月30日
仕入税額相当額の70％控除
大綱による新設
2028年10月1日～2030年9月30日
仕入税額相当額の50％控除
大綱による延長
今回、国税庁が更新したQ&A（問Ⅷ・問Ⅸ）は、この「最初の切り替わり時期（2026年10月1日）」における実務上の判断基準を整理したものです。
大綱による改正で切り替わり後の割合は「50％」から「70％」へ変更される見込みですが、「どの時点の取引か」という判定ルール自体は不変であるため、以下の指針は極めて重要です。
2．控除割合の切替前後：取引類型ごとの判断基準（問Ⅷ）
新たに追加された「問Ⅷ」では、2026年10月1日をまたぐ取引において、切替前後のどちらの割合を使うのかが問われています。国税庁は、適用割合は「課税仕入れを行った時期」によって判断すると明示しました。
【役務の提供】を受けた場合の判断
・課税仕入れの日（原則）：役務の提供が完了した日である10月20日
・適用される割合：2026年10月1日以降の期間にあたるため70％控除（大綱ベースで判断）
代金の支払日が10月31日であるかどうかは、控除割合の判断には影響しません。あくまで役務の提供を受けた日がいつであるかで判定されます。
【商品の仕入れ（資産の譲受け）】の場合の判断
・9月中に引き渡された分：2026年9月30日までの期間にあたるため80％控除
・10月1日以降に引き渡された分：2026年10月1日以降の期間にあたるため70％控除（大綱ベースで判断）
この点は、役務提供と商品仕入れで判断基準（課税仕入れの時期）が異なるため、経理処理の際に特に注意が必要です。
もう一つの追加Q&Aである「問Ⅸ」では、短期前払費用として処理する取引における経過措置の適用についてです。 【契約変更などがあった場合の調整方法について】
3．短期前払費用として処理する場合の経過措置適用（問Ⅸ）
【適用割合の判断基準】
この場合、2026年1月に支払った1年分の保守料金について、2026年3月期の消費税申告で、全額に80％控除を適用できるのか。この点、国税庁は、短期前払費用として継続的に処理していることを前提に、役務の提供期間にかかわらず、支出した課税期間（この事例では2026年1月が属する2026年3月期）において、1年分全額について80％控除を適用して差し支えないとしています。控除割合の判定は、役務の提供期間ではなく、あくまで短期前払費用として処理する前提で行われます。
この場合、増減が生じた課税期間において、課税仕入れに係る消費税額を加算または減算することになります。その際に用いる控除割合は、当初の申告時に適用した割合です。今回の事例（2026年1月支払い分）においては、当初80％控除を適用しているため、契約変更後の調整も80％控除を用いて行うことになります。
今回のQ&A更新と与党大綱の内容を合わせると、経理・税務担当者は以下の点に留意する必要があります。
4．実務への影響と今後のチェックポイント
① 役務提供と商品仕入れの「課税仕入れの時期」の違い
・商品仕入れは「商品の引渡しがあった日」
この違いにより、控除割合の切替日（2026年10月1日）前後の判断が異なります。
2026年10月以降は控除割合が引き下げられるため、取引時期の管理や契約内容の確認が、これまで以上に重要になります。
