通勤手当の非課税限度額が引上げ　2025年の年末調整で過納税額を精算

はじめに

2025年4月以降に支払われる通勤手当について、非課税限度額が引き上げられました。これは自動車通勤者の増加や物価上昇を踏まえた見直しです。11月20日施行の政令改正により新ルールが適用されますが、改正前に支払われた通勤手当は旧限度額で源泉徴収済みのため、改正後の限度額を適用すると税金が過納となるケースがあります。この過納額は2025年分の年末調整で精算する必要があり、企業には正確な帳簿処理と限度額判定が求められます。

1．通勤手当の非課税限度額拡大と「支払日」ベースでの適用判定

2025年11月20日施行の政令改正により、自動車・自転車などで通勤する給与所得者に支給する通勤手当の非課税限度額が引き上げられました。新しい限度額は2025年4月1日以後に支払われる通勤手当に適用されます。物価上昇に伴う交通費負担増や、地方での自動車通勤の増加を踏まえた改正であり、給与所得者の実質的な負担軽減を図る狙いがあります。企業の経理担当者にとっては、過去に支払った通勤手当に遡って精算が必要となるケースがあり、年末調整前の事前準備は必須となります。

今回の改正は「2025年4月1日以後に支払われる通勤手当」に対して新限度額を適用します。原則、適用は給与の「支払日」で判定するのが基本ですが、給与規程の運用によっては、その通勤手当が「どの月の通勤分に該当するか（支払われるべき時期）」の確認が必要となる場合があります。

2．実務対応のポイント：年末調整で過納税額を精算

改正前の限度額で源泉徴収が行われていた場合、新限度額を適用すれば本来非課税となる部分があります。非課税とすべき金額に誤って課税されていた"過納税額"を是正するため、2025年分の年末調整により精算することが求められます。精算対象となるのは、次の2つの要件を同時に満たす場合です。

①2025年4月以後に支払われた通勤手当に対し、改正前の限度額で源泉徴収が行われていたこと。

②新限度額に照らすと、本来非課税となる金額があること（すなわち、旧限度額を超え、新限度額の範囲内にある部分が存在すること）。

例えば、支払われた通勤手当が旧限度額以下であれば課税されていないため、精算の必要はありません。経理担当者は従業員の支給履歴と通勤距離区分の確認を行い、精算の要否を事前に洗い出すことが重要です。

3．年末調整における経理処理（精算ステップ）

新限度額を適用した結果、非課税となる部分が新たに生じる場合、次の手順で年末調整を行います。

①源泉徴収簿への特記記載
2025年分給与所得の源泉徴収簿の余白に「非課税となる通勤手当」と明示し、以下の内容を記入します。
・旧限度額を超えて課税されていた部分のうち、新限度額により新たに非課税となる金額
・その計算根拠（これは、後日の税務調査における確認に耐える記録を残すため、極めて重要な作業です。）

②年末調整の給与総額から非課税化部分を控除
源泉徴収簿の「年末調整－給料・手当等①」の欄にて、以下の計算結果を記入します。
「総支給額 − 新たに非課税となった通勤手当の金額」
これにより、修正後の給与総額を基に正しい所得税額を再計算できます。

③過納税額が年末調整で自動的に精算
非課税化した部分を給与総額から差し引くことで、すでに源泉徴収された税額のうち過納分が年末調整で自動的に還付されます。企業が従業員ごとに個別の還付手続をする必要はありません。

今回の通勤費改正を受けて、改正前に旧限度額で源泉徴収されていた通勤手当では、新限度額を適用すると過納税額が生じる可能性があり、年末調整で精算することが必須となります。企業は、源泉徴収簿への正確な記載、給与総額の修正など、適正な年末調整を行うことが求められます。正確な処理は税務リスクの軽減につながり、企業のコンプライアンス遵守を示すことにもなります。

4．まとめ

今回の通勤手当改正により、改正前の旧限度額で源泉徴収された通勤手当については、新限度額を反映すると過納税額が生じる場合がありますので、年末調整できちんと精算することが必要となります。