令和7年度税制改正 年末調整は「基礎控除」等で注意 ～11月末までの「準確定申告」なら更正の請求など必要～

はじめに

令和7年度税制改正では、所得税の「基礎控除」や「給与所得控除」等が見直された。これらは2025年12月1日からの施行で、年末調整など12月以降の源泉徴収事務に影響が出てくる。また、同年11月30日以前に準確定申告をしている場合、提出している申告書では税制改正の適用がないが、手続きによっては適用対象となる。そのため国税庁ウェブサイトでは、令和7年度税制改正に関するQ&Aを公表し、事務処理上の注意を呼び掛けている。

１.給与の源泉徴収事務に注意が必要

令和7年度税制改正では、所得税の基礎控除や給与所得控除が見直され、その施行は2025年12月1日から。この12月1日からの給与の源泉徴収に関しては、基礎控除の最高額と給与所得控除の最低保証額、扶養控除等の所得要件の各10万円引き上げ、特定親族特別控除の創設などが影響してくる。2025年11月末までの給与に係る源泉徴収事務はこれまで通り行うわけだが、実務的には11月末までと12月からの取り扱いが混在し、年末調整へ反映する必要がある。

そのため国税庁では同庁サイト「令和7年度税制改正による所得税の基礎控除の見直し等について」のQ&A「令和7年度税制改正（基礎控除の見直し等関係）」で取り扱いを解説している。Q&Aは全部で36問。その中で経理担当者が特に留意すべきポイントをいくつかまとめてみた。

①問1-11（施行日前の年末調整関係書類の提出）

従業員が例年11月から基礎控除申告書などの年末調整関係書類を提出する場合、2025年12月1日施行の改正内容を反映した書類の早期提出が可能。
実務面では、改正施行後の書類提出だけでは年末調整に間に合わない場合も考えられるため、同日以後に適用される改正内容を反映した書類であっても、施行日前から提出して差し支えないとしている。
この対応により、年末調整の実務効率が大きく向上し、準備の遅れによるリスクを回避することができる。
特に、改正内容を反映した新しいフォーマットでの記入や提出プロセスに対して早めに着手することで、ミスや修正作業を最小限に抑える効果も期待される。

②問1-12（居住者として給与の支払を受けていない人の取扱い）

令和7年度税制改正に伴う控除等の適用について、2025年中に死亡退職した人や海外転勤により非居住者となった人で、居住者として最後に給与を受け取った日が同年11月30日以前の場合、年末調整では改正後の基礎控除、給与所得控除後の給与等の金額の表、特定親族特別控除および扶養親族等の所得要件は適用されない。
年末調整は給与支払者がその年最後の給与支払時に実施するため、改正後の控除等は施行日以後の給与支払に対してのみ適用される。

そのため、同年11月30日以前に給与を受け取った場合、改正後の控除等を適用するには確定申告が必要。
具体的な申告方法は、関連するガイドライン「7-4 令和7年11月30日以前に海外勤務のため国外転出する場合の基礎控除等の具体的な適用方法」を参照。
給与支払者や対象者にとって、この規定の理解は重要であり、適切な対応が求められる。
なお、企業の人事・給与部門は、居住者区分の変更がある従業員を把握し、年末調整対象者から除外する処理が不可欠だ。

③問2-1（扶養控除等申告書の記載事項と記載事例）

2025年12月から扶養親族等の所得要件が改正されるが、令和7年分の扶養控除等申告書に記載する基本的な事項に大きな変更はない。
ただ、新たに扶養控除等の対象となる扶養親族等がいる場合、その旨を記載した申告書を給与の支払者に提出する必要がある。
その際、「異動月日及び事由」欄に「令和7年12月1日 改正」などと具体的に記載することが求められる。
また、2025年11月30日以前に支払われる給与については、源泉徴収税額表を用いる際に、新たに扶養控除等の対象となった親族を控除対象に含めない。

一方で、扶養控除等申告書は原則として12月1日以後最初に給与が支払われる日の前日までに提出する必要があるが、年末調整を行うまでに申告書が提出されれば、その申告内容に基づいて調整する。

④問3-1（年末調整の際に特定親族特別控除の適用を受けるための手続）

令和7年度税制改正により、年齢19歳以上23歳未満で合計所得金額が58万円超～123万円以下の親族を有する人は、「特定親族特別控除」を受けることができる。
同控除を適用するには、該当する従業員が年内最後の給与支給日前日までに特定親族特別控除申告書を給与支払者へ提出する必要がある。
同申告書は基礎控除申告書などとの兼用様式となり、国税庁サイトの「給与所得者の基礎控除、配偶者（特別）控除、特定親族特別控除及び所得金額調整控除の申告」に掲載されている。
控除対象親族が国外居住親族である場合は、申告書提出時に「親族関係書類」や「送金関係書類」を併せて給与支払者に提示または提出が必要。

ただし、既に扶養控除等申告書で「親族関係書類」を提示済みの場合、再提出は不要。
「親族関係書類」は戸籍の附票や国外居住親族の旅券の写し、または外国政府発行の書類を指す。
「送金関係書類」は、国外居住親族への生活費や教育費送金を証明する金融機関や電子決済の書類を含む。

⑤問3-2（年末調整における特定親族特別控除の適用要件の判定時期）

年末調整において特定親族特別控除の適用を受ける場合、従業員はその年最後に給与の支払を受ける日の前日までに特定親族特別控除申告書を給与支払者に提出する必要がある。
この際、申告書に記載された親族が特定親族に該当するかどうかの判定は、その申告書を提出する日の現況に基づく。
所得金額の要件については、その申告書提出時点で見積もったその年の合計所得金額に基づいて判断され、年齢についてはその年12月31日時点の状況（死亡者の場合は死亡時点）が基準となる。

また、確定申告で控除を受ける場合も同様で、その時点での現況に基づき判定が行われる。
これにより、19歳以上23歳未満の親族を有するかどうかが判断される。
国外居住親族については、申告書提出時に「親族関係書類」と「送金関係書類」を提示または提出する必要があるが、扶養控除申告書でこれらの書類を既に提出済みの場合は再提出不要。
この判定基準を理解し適切に対応することで、年末調整を円滑に進めることができる。

２.e-Tax利用時は基礎控除額を「雑損控除」欄に入力

⑥問7-1（令和7年11月30日以前に準確定申告書を提出する場合の基礎控除等）

準確定申告とは、年の途中で死亡した場合や、転勤などにより出国する場合に税務署へ提出する確定申告書のこと。
令和7年度税制改正の適用は12月1日以降からなので、それ以前に準確定申告書を提出した場合は、税制改正による控除が適用されない。

ただ、同年12月1日から同12年12月2日までに「更正の請求」をすれば改正後の控除を受けることができる。
すでに提出した準確定申告書に係る法定申告期限が到来していない場合においては、訂正申告書の提出で基礎控除の見直し等の適用を受けることができる。

⑦問7-2（12月1日以降にe-Taxソフトを用いて準確定申告書を提出する場合）

12月1日以降にe-Taxソフトで準確定申告書を提出する場合、7年の間は6年分の確定申告書の様式を使用することになり、基礎控除欄に48万円までの金額しか入力できない。
そのため、e-Tax利用する場合は、「基礎控除」欄に金額を入力するのではなく、「雑損控除」欄に入力する。
その際、基礎控除欄は初期表示の「0,000」のままにしておく。
雑損控除も入力する必要がある場合には、雑損控除額と見直し後の基礎控除額を合わせた金額を入力する。
また、 「申告書等送信票（兼送付書）」の「特記事項」欄に、「基礎控除額●●●円」（併用時は「雑損控除額●●●円、基礎控除額●●●円」）と明記する。

⑧問7-3（令和7年12月1日以後に準確定申告書を提出する場合の特定親族特別控除）

令和7年度改正施行後は、「特定親族特別控除」の適用も可能となる。
書面で申告する場合は申告書第一表の「扶養控除」欄に対して項目名の追記や金額の二段書きが必要となる。
e-Tax利用時には、扶養控除額と合わせた金額を入力し、送信票の「特記事項」欄に控除額を明記する必要がある。

令和7年度税制改正にともなう申告手続きは複雑なので、提出時期と申告方法の選択によって適用される控除が変わるため十分な確認と対応が求められる。